Pääosin harvinaiskokoelman painatteet on julkaistu ennen vuotta 1900, mutta kokoelmaan on sijoitettu joitakin uudempiakin harvinaisuuksia tai kuriositeetteja. Kirjojen lisäksi harvinaiskokoelmaan kuuluu vanhoja lehtiä, arkkiveisuja, ruumissaarnoja, karttoja ja säädöksiä.
Kokoelman vanhinta painettua kirjallisuutta edustaa yksi lehti vuonna 1460 painetusta Balbus de Januan latinankielen sanakirjasta Catholicon (Summa Grammaticalis quae vocatur Catholicon). Sanakirjan käsikirjoitus valmistui jo 1200-luvun lopulla ja sitä käytettiin Raamatun tulkinnan apuvälineenä. Vuonna 1460 painetun teoksen painajaa ei tiedetä varmuudella, mutta kirjasintyypin ja ladonnan perusteella sen on uskottu olevan peräisin Guttengergin kirjapainosta.
Vanhimmat kokonaiset painatteet ovat kolme inkunaabelia 1400-luvun lopulta. Vanhin niistä on Ricardus de Mediavillan kirjoittama teos Commentarius in quartum librum Sententiarum, joka on painettu Venetsiassa vuonna 1489. Mediavillan ”Kommentaari Sentenssien neljään kirjaan” on selitysteos italialaisen Lombarduksen 1100-luvulla kirjoittamaan, merkittävään teologian oppikirjaan Sentensseihin (Sententiae).
Cursus optimarum questionum super philosophiam Aristotelis on painettu arviolta vuonna 1494 Freiburgissa. Sen ovat kirjoittaneet kaksi Pariisin yliopistossa vaikuttanutta teologia Georges de Bruxelles ja Thomas Bricot. Erityisesti Bricot oli tunnettu johtohahmo tuon ajan filosofian tutkimuksessa ja Aristoteleen tuntija.
Saksalaisen humanistin Albertus de Eybin kirjoittama Margarita Poetica on painettu Baselissa vuonna 1495. Teos ”Runouden helmiä” on kokoelma parhaita paloja tunnettujen puhujien, runoilijoiden ja antiikin filosofien teksteistä.
Vanhin suomenkielinen teos harvinaiskokoelmissa on Mikael Agricolan Se wsi Testamenti vuodelta 1548. Ensimmäisestä suomenkielisestä koko raamatusta eli ns. Kuningatar Kristiinan raamatusta vuodelta 1642 kokoelmassa on useita niteitä. Yksi kokoelman arvokkaimmista raamatuista lienee Einar Palmusen kokoelmaan kuuluva ns. Gezeliusten raamattu tai Sotaraamattu vuodelta 1685.
Harvinaiskokoelmaan on pyritty saamaan erityisesti pohjoisuutta kuvaavia teoksia, kuten vanhaa matkakirjallisuutta. Vanhin näistä on Roomassa vuonna 1555 painettu Olaus Magnuksen laaja "Pohjoisten kansojen historia" Historia de gentibvs septentrionalibvs.
Vanhin saamenkielinen julkaisu kokoelmassa on kirkkokäsikirja Manuale Lapponicum vuodelta 1648. Teos on Johannes Tornaeuksen ruotsin kielestä (Manuale Sueticum) saamen kielelle kääntämä teos, joka sisältää kirkkokäsikirjan, katekismuksen, raamatun kirjoja, laulukirjan ja rukouskirjan.
Amerikansuomalainen kokoelma sisältää suurimmaksi osaksi uskontoa ja moraalia korostavaa yhteiskunnallista ja poliittista kirjallisuutta, jota julkaistiin suomenkielellä 1900-luvun alussa Yhdysvalloissa.
Kokoelman pohjana on Amerikansuomalaiselta historialliselta arkistolta (The Finnish American Historical Archives, Hancock, Michigan) saatu lahjoitus.
Oulun lyseon ullakolta löytyneet vanhojen lainakirjastojen kirjat siirrettiin yliopiston kirjastoon vuonna 1967. Lainakirjastojen kokoelmaan on liitetty lisäksi Oulun lyseon kirjastolle kuuluneita vanhoja kirjoja. Se sisältää pääosin ruotsinkielisiä teoksia 1700-luvulta 1870-luvulle: runoja, kaunokirjoja, historiaa, matkakertomuksia ja elämäkertoja. Lainakirjastojen kirjat olivat osa seuraavien kirjastojen alkuperäisistä kokoelmista:
Turun akatemiassa (1640-1828) julkaistiin aikanaan yli 4000 väitöskirjaa, joista harvinaiskokoelmissa on joitakin satoja alkuperäisinä painatteina. Kokoelmaan sisältyy lisäksi Suomen Keisarillisen Aleksanterin yliopiston väitöskirjoja sekä joitakin Uppsalan yliopistossa tehtyjä vanhoja väitöskirjoja.
Vanhoja väitöskirjoja löytyy myös muista kirjaston kokoelmista sekä digitoituna netistä:
Kolme kokoelmaa on annettu säilytettäväksi kirjaston harvinaiskokoelmaan niin, että omistusoikeus säilyy alkuperäisellä omistajalla. Tällaisia deponoituja kokoelmia ovat Oulun hiippakunnan tuomiokapitulin, Limingan seurakunnan ja Kuivaniemen kappeliseurakunnan vanhojen kirjojen kokoelmat.
